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日本に生息・生育するが、人為の影響等により存続に支障を来すような状況がみられる種で、その保護を図るため「種の保存法(1992)」に基づいて指定された種(亜種または変種を含む)。
以下のいずれかに該当するものが指定される。
(1)個体数が著しく少ないか、または著しく減少しつつある種、(2)全国の分布域の相当部分で生息地等が消滅しつつある種、(3)分布域が限定されており、かつ生息地等の環境の悪化、または過度の捕獲・採取により、その存続に支障を来す事情がある種。
指定された種(亜種)は、個体の捕獲・採取、譲渡等が原則として禁止される。2002年9月現在、イリオモテヤマネコ、アホウドリ、アツモリソウなど62種が指定されている
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